El Paleolítico en Almería se caracteriza por reducidos grupos nómadas, cazadores y recolectores. No son demasiado abundantes los yacimientos paleolíticos en la provincia, siendo al más antiguo de ellos el de Cueva de Zájara I, en Cuevas de Almanzora.
Ya en el Neolítico, y aún antes en el Paleolítico superior, aparecen las primeras aldeas y los primeros espacios dedicados exclusivamente a enterramientos. De esta época datan las pinturas rupestres de la Cueva de los Letreros y otra veintena de cuevas y abrigos de la Comarca de los Vélez considerados por la Unesco, en 1989, como patrimonio de la Humanidad.
En uno de esos refugios de los primeros pobladores del levante peninsular, el Abrigo de las Colmenas, todavía se conserva una figura humana con los brazos en cruz que sostiene un supuesto arco iris sobre su cabeza. Dice alguna leyenda que esta pintura rupestre representa un pacto del hombre prehistórico con los dioses para evitar futuros diluvios. Es la primera representación del indalo almeriense, cuyo origen etimológico podría venir del indal eccius, el mensajero de los dioses de los íberos. De indal eccius viene también el nombre de San Indalecio, uno de los siete varones apostólicos y Patrón de Almería junto a la Virgen del Mar.
El indalo se ha convertido, con los años, en el símbolo más conocido de Almería y de lo almeriense. Aunque algunos lo han visto como un hombre sosteniendo un arco iris, no es más que un arquero buscando su presa en el cielo. El indalo dio su nombre al un movimiento pictórico, artístico e intelectual de los indalianos quienes, con Jesús de Perceval y Eugenio d´Ors a la cabeza, sentían una atávica atracción por la población de Mojácar y sus habitantes. Los mojaqueños pintaban indalos con cal en las paredes de sus casas para protegerse contra las tormentas y el mal de ojo. Entonces se le llamaba el "muñequillo mojaquero".
Fue Luis Siret y Cels, eminente arqueólogo belga, quien descubrió la riqueza prehistórica de Almería, particularmente la de la Edad de los Metales. Dijo Siret de Almería que era "un museo a cielo abierto". En efecto, Almería es cuna de dos de las culturas más importantes de la Edad de los Metales en la península: la cultura de Los Millares y la cultura de El Argar.
Es en la Edad del Cobre o Calcolítico, (3000-2150 a.C.), cuando surge la primera ciudad de la que tenemos noticia: el poblado de Los Millares, situado estratégicamente en un espolón de roca entre el río Andarax y la rambla de Huéchar, al sur de la provincia. Se trata de un poblado de más de mil habitantes, protegido por tres líneas de murallas y torreones, y cuya economía se basaba en la metalurgia del cobre y en la agricultura, ganadería y caza a mediana escala. Además construyen grandes necrópolis y exportan sus modelos metalúrgicos y alfareros a gran parte de la península.
Más adelante, en la Edad del Bronce, (1700-1400 a.C.), nace una cultura igualmente influyente, la de El Argar. Allí desarrollan un modelo alfarero característico, el vaso campaniforme, cuyo uso se extenderá por todo el levante español. Sus necrópolis evolucionan con respecto a la cultura de Los Millares y diversifican la producción agrícola y ganadera.
